Добрый день.
Исходя из условий договора, сумма 127680руб., выделенная в соглашении о досрочном выкупе, представляет собой компенсацию предоставленной ранее, но аннулированной скидки. Согласно пункту 2.11.2 договора эта скидка включает НДС. Договор предусматривает возможность аннулирования скидки. Поэтому возмещение предоставленной скидки в случае её аннулирования также должно включать сумму НДС.
То, что лизингодатель предоставлял скидку в расчете на субсидию из бюджета, для лизингополучателя значения не имеет : он получает (или возвращает ) не субсидию, а полученную ранее скидку.
Поэтому в счёте фактуре сумма возмещаемой скидки должна быть приведена с НДС (из этой суммы должен быть выделен НДС).