Если проданная недвижимость использовалась в предпринимательской деятельности, применить вычет НДФЛ нельзя, НК прямо это запрещает.
А будет ли действовать этот запрет на вычет, если до продажи квартира сдавалась в аренду и с доходов от сдачи ее собственник платил НПД как самозанятый? Считается ли в этом случае сдача в аренду предпринимательской деятельностью?
Это не совсем так. Есть исключение для жилой недвижимости:
Положения настоящего пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от реализации ценных бумаг, а также на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества (за исключением жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, садовых домов или доли (долей) в них, а также транспортных средств), непосредственно используемого в предпринимательской деятельности;
п.17.1 НК РФ.
Поэтому сдача в аренду квартиры самозанятым никак не препятствует исчислению минимального срока владения. Если срок вышел, то НДФЛ не будет,
Что касается имущественного вычета. 20 лет назад Верховный суд сказал, что сдача временно свободного жилья предпринимательством не считается (п. 2 Постановления Пленума ВС от 18.11.2004 № 23). Если же физлицо сдает в аренду несколько квартир, то возможны споры с налоговиками.
спасибо