Как правильно ввести документы в 1С:Предприятие 8.3

потому что это неправильно. При УСН Д-Р нужно учитывать, как минимум, две даты - поступления и оплаты.

Уж если бы это было совсем неправильно, то в нормативных документах про это не было бы написано (я сейчас про ПБУ 9/99 и 10/99).
Обе даты учитываю - делаю проводку самой поздней из двух дат.

Неужели все “малыши” на УСН 15% ведут бух. учет по отгрузке?

ПБУ не имеют никакого отношения к налоговому учету. А т.к. налоговый учет требует не менее двух дат - то и смысла в ведении бух.учета кассовым методом при УСН Д-Р нет никакого.

Ведут так, как проще. А проще - не изобретать велосипед и просто вносить в программу документы их фактической датой. Какой смысл держать в голове и делать вручную то, для чего и нужна программа?
Поверьте, вы с кассовым методом будете тратить на ведение учета раза в два больше времени. Одна зарплата чего стОит.

Простите, а вы учет налогов и зарплаты тоже кассовым методом ведете? А как вы отчетность тогда заполняете? Руками что ли?
Кассовый метод бухучета - это для мазохистов. Потому что по сути учета будет не два, как обычно, а три - поскольку зарплата должна начисляться не в день выплаты, а в последний день месяца. И взносы должны начисляться не датой их уплаты, а последним днем месяца. Иначе у вас будет кривая зарплатная отчетность